L’Ordine aveva dunque il suo principale convento a Trento. E a Cles nel 1631 i frati cominciarono a risiedere nel luogo che era stato scelto, nella frazione di Spinazeda. Sopravvenuta la peste del 1630 gli abitanti di Cles fecero voto – se fossero stati risparmiati dal flagello – di erigere ai figli di S. Francesco un convento. E così avvenne, perché la borgata rimase immune dal contagio. Nel giugno di quell’anno i sindaci generali delle valli del Noce sottoscrissero il documento che prevedeva le dotazioni della casa. Il 24 agosto 1631 fu posta la prima pietra e venne benedetta la Croce: la cerimonia fu officiata dal vescovo di Trento Carlo Emanuele Madruzzo, il quale era momentaneamente residente a Nanno. Il lascito del conte Arbogasto Thun (3000 ragnesi), e le donazioni del terreno (circa 20 particelle a vite e prato) da parte di privati permisero la fondazione del convento a Spinazeda. Altri acquisti di terreni fecero in modo che la fondazione avesse anche orto e campagna. Nel 1635 i frati cominciarono a risiedere comunitariamente nel nuovo edificio: erano in tutto 9 persone. Nel 1639 la famiglia francescana ebbe il suo primo guardiano, fra Francesco Turcato, cittadino di Trento. Due anni dopo la chiesa dei frati, che si stava costruendo, fu voltata con centine di vimini e nel 1642 fu fatto il tabernacolo. La prima Messa fu celebrata il 18 ottobre 1643, mentre nel 1647 fu stabilita la clausura. Il 22 agosto 1649, con grande solennità, fu consacrata dal vescovo suffraganeo di Bressanone, Iesse Perchoffer, la nuova chiesa dedicata a S. Antonio di Padova. Nel triennio successivo venne edificato il campanile.