Alla morte di Massimiliano, nel 1519, si adoperò per l'elezione di Carlo V, già Re di Spagna, a Imperatore del Sacro Romano Impero. Il suo servizio si svolse soprattutto alla corte del fratello minore di Carlo, l’arciduca Ferdinando. In seguito alle rivolte dei contadini del 1525, il Cles ordinò una feroce repressione; in un secondo momento commutò molti bandi in ammende pecuniarie, ma punì con estrema severità i capi dei rivoltosi. Già presidente del consiglio segreto di corte, dal 1528 ebbe anche il titolo di cancelliere supremo (supremus cancellarius), un ruolo paragonabile a quello di primo ministro. Riunì dunque nelle sue mani tutte le cariche più alte del governo austriaco ed esercitò la massima influenza su tutte le faccende di stato, in particolare sulla politica estera. All’apice della sua carriera, la sua autorità era considerata intoccabile a corte e la sua presenza giudicata indispensabile sia da Ferdinando I che da Carlo V. Il Cles, nominato cardinale nel 1530, avvertiva con forza la necessità di un Concilio per cercare di ricomporre la frattura col mondo tedesco protestante, e per raggiungere questo obiettivo incalzò continuamente papi e regnanti. Nel 1536 Paolo III incaricò otto cardinali, tra i quali il Cles, di elaborare la bolla di convocazione del concilio. Il 30 luglio morì a Bressanone per un colpo apoplettico, durante un banchetto in onore della sua nomina a principe vescovo della città. Fu sepolto nel duomo di Trento. Trento, sotto la sua sovranità, si trasformò da città medievale in città rinascimentale: promosse un ampio rinnovo urbanistico che comprese, fra le opere più importanti, la ricostruzione della chiesa di Santa Maria Maggiore in stile rinascimentale e la sistemazione del centro cittadino, oltre alla costruzione del Magno Palazzo presso il Castello del Buonconsiglio.
A Cles il Principe Vescovo si impegnò finanziando la riedificazione della chiesa parrocchiale ed apportando miglioramenti al castello di famiglia. Nel bene e nel male un uomo del suo tempo, Bernardo Cles ebbe una grande influenza sull’evoluzione del Principato Vescovile di Trento e sulla politica europea del tempo.
Ricostruzione del volto a cura di Cicero Moraes (Arc-Team).